W strukturze organizacyjnej SAP ważne miejsce zajmują fachowe sekcje o ściśle określonym polu działania. Obecnie funkcjonuje 5 Sekcji Stowarzyszenia i są to:
- Sekcja „Archiwa Zakładowe”
- Sekcja Archiwistów Samorządowych
- Sekcja Archiwów Rodzinnych
- Sekcja Edukacji Archiwalnej
- Sekcja Archiwów Instytucji Naukowych i Kulturalnych
Działalność Sekcji służy pogłębianiu zawodowej wiedzy i praktycznych umiejętności, które przejawiają się w organizowaniu konferencji i seminariów naukowych, odczytów, wystaw, spotkań, warsztatów, festiwali i innych przedsięwzięć mających na celu wzbogacenie wiedzy archiwalnej, integrowanie środowiska archiwalnego oraz promocje archiwistyki i dyscyplin jej pokrewnych.